Si bien la sede oficial de las Juntas Generales es la Casa de Juntas de Gernika, donde se celebran los plenos, la Institución cuenta con una sede administrativa en Bilbao ubicada en un edificio singular en la calle Hurtado de Amézaga número 6.

En esta sede se desarrolla la actividad diaria de las Juntas: comisiones, reuniones de los grupos junteros y preparación de los plenos.

Asimismo, cuenta con una sala de Exposiciones y un Salón de Actos, utilizado por diferentes Colectivos sociales bizkainos para reuniones y conferencias.